明王朝是朱元璋以应天府为根据地、 号令江淮、 一步步建立起来的。 公元1356年，朱元璋率农民起义军攻下元朝重兵镇守的长江下游的滨江城市“集庆路”，改为“应天府”，取“上应天意”之意，为“兴王之根本”。他在应天称吴王，建立政权，削平群雄，“西平陈友谅，东灭张士诚，南靖闽广，北定中原”，到公元1367年，朱元璋完成了建立封建王朝的过渡阶段，可以称帝立国了。关于大明王朝的都城选址事，朱元璋着实认真考证了一番：有人主张在关中建都，以为关中险固，乃金城天府之国；有人主张建在洛阳，以为洛阳地处全国中心，四方朝贡距离相等；有人主张建在开封，以为开封是宋朝旧都，漕运方便；也有人以为北平（元大都）宫室完备，建都可省营造费用；……朱元璋认为这些建议都不全面，都不能适应当前的局势。朱元璋的左右文武重臣，都是江淮子弟，对在帝乡建都很是钟情，他们认为：临濠（濠州）前有长江，后有淮水，地势险要，运输方便，可以建都。但是刘基坚决反对，以为临濠虽是帝乡，但穷乡僻壤，种种条件都不适宜建都，以至已经动工在建了六年的“中都城”不得不停工。权衡到最后，朱元璋终于下了决心：“应天”据形势之地，长江天堑，龙蟠虎踞，可以立国建都。  

朱元璋为登皇帝位，命刘基等卜建宫室于钟山之阳，填筑燕雀湖为大内，即最终选定“今中山门内、中山东路南北两侧，东起东安门街，西止天津桥，南至大阳沟，北达金星桥， 占地约16平方公里”的这块宝地建帝王之宅。工程始于1366年，次年建成，初具规模。明皇宫经洪武8年和洪武25年的两次扩建， 成了一座规模宏伟的宫殿：布局规整，设计对称，城分内外二重，外曰皇城，内曰宫城，合称皇宫。        

公元1368年1月23日， 在钟山之阳备仪祭告天地，丞相百官和都民耆老拜贺舞蹈，连呼万岁三声，朱元璋即皇帝位。礼成，具皇帝卤簿仪仗导从，到太庙追尊四代祖父母、父母为皇帝皇后，再祭告社稷。宗教仪式都做完了，于是皇帝回新宫，服衮冕，在奉天殿接受百官朝贺，登皇帝位，国号“大明”，建元“洪武”，定应天府为国都，诏称“南京”。        

明初盛世70年，南京历“洪武”、 “建文”、 “永乐”三朝为全国政治中心54年。公元1421年正月明成祖朱棣迁都北京后， 南京又为两京之一， 称“留都”200余年，给后世南京的发展产生了重大影响。